Первые проекты храма начали разрабатываться еще 1970-х, когда на месте Ипатьевского дома периодически собирались верующие. Двухуровневое здание в русско-византийском стиле было освящено 16 июля 2003 года. Храм посвящен событиям, произошедшим ночью 16 июля.
В состав комплекса входит пятикупольный храм, часовня Елизаветы и Патриаршье подворье. У входа в Нижний храм есть памятник, посвященный расстрелу царской семьи. Он изображает всех ее членов в последний момент перед казнью. Фасады здания отделаны красным гранитом в память об этом событии. Также по периметру фасада расставлено 48 икон.
В основу экспозиции музея при храме положены предметы, так или иначе связанные с семьей императора. Посетители могут во всех подробностях узнать об их быте и жизненных перипетиях вплоть до ареста. Также на всеобщее обозрение выставлены документы, доказывающие экономическую мощь державы при императоре. Туристы и паломники могут увидеть раку Серафима Саровского с частичкой мощей святого и украшенную самоцветами. В храме хранится и «Троеручица», икона Богоматери, одна из главных его святынь.
Здесь проводится много образовательных исторических мероприятий, призванных изменить мнение прихожан и туристов о Российской империи и семье Николая II.