Первый музей в истории страны, созданный в 1876 году. Длительное время его существование обеспечивалось только благодаря благотворительности. Благодаря лидерству Николая Зарудного, в 1918 году удалось наладить взаимодействие с Народным Музеем Туркестана, а в 1930 отделы Музея природы были объединены с Музеем сельского хозяйства. И только к 1935 году было завершено формирование музея в его текущем виде.
В 2010 г. он был перемещен в новое здание, а количество представленных в нем экспонатов превысило 400 000. Основа экспозиции — насекомые, населяющие Узбекистан. Всего было собрано более 300 000 различных образцов, которые могут наблюдать приезжие. Все остальное — гербарные листы, геологические и зоологические материалы, позволяющие оценить биологическое разнообразие страны.
Именно здесь впервые был использован передовой метод ландшафтного экспонирования природы, что дает наглядное впечатление не только о взаимосвязях в природе, но и различных явлениях.
Наибольшей популярностью пользуются экспонаты хищных птиц. Фигуры словно застыли в полете в таком положении, чтобы зритель мог увидеть всю их красоту. Также в экспозиции встречаются и уникальные случаи — когда выставляются аномальные животные, вроде двухголовых телят.